jak vložit do tabulky (col1, col2) hodnoty (vyberte max(id) z tabulky2, vyberte id z tabulky3); ?

Zní to, že to je to, co chcete:

INSERT INTO table1_table2 (table1_id, table2_id) 
    SELECT MAX(table1.id), table2.id FROM table1, table2 GROUP BY table2.id;