Můžete použít @Table(catalog="") specifikovat databázi, ke které patří, a pak také může vytvořit vztah mezi databází.
ve vašem případě Wheel mapuje na DB1, Car do DB2 a MotorCycle do DB3 pomocí atributu katalogu.
Použil jsem toto řešení s MySQL a MSSQL a funguje perfektně. pouze omezení toto má všechny tři DB musí být na stejném databázovém serveru a uživatel, který je používán pro přístup k db, by měl mít příslušná oprávnění ke všem DB.
Protože toto řešení pouze přidává název schématu proti tabulce ve všech dotazech.