Na základě komentáře H. Herzla:
Moje konečné řešení bylo něco takového:
public class MyTableClass
{
public int Id { get; set; }
[Column(TypeName = "jsonb")]
public string Data { get; set; }
}
Migrace vygenerovaly toto:
Data = table.Column<string>(type: "jsonb", nullable: true),
Při aktualizaci databáze pomocí migrací byl sloupec Data vytvořen správně s typem jsonb.
Děkuji H. Herzl!