Nelze najít sloupec s logickým názvem

V ProjectLevel2Repository máte mapování směrem k ProjectRepository pomocí @JoinColumn s názvem projectlevel1id která neexistuje. Z toho, co popisujete, by to mělo být mapováno na ProjectLevel1Repository

@ManyToOne
@JoinColumn(name="projectlevel1id", referencedColumnName = "projectlevel1id")
@JsonIgnore
private ProjectLevel1Repository projectlevel1;