Zjistil jsem, že k tomu došlo, když MySQL spotřebovalo příliš mnoho paměti RAM. Tato otázka a tento příspěvek oba pomohli se způsobem testování a řešením.
Pro mě je to přidání do mého /etc/mysql/my.cnf soubor opravil problém.
innodb_buffer_pool_size = 12M
Zde je návod, jak jsem se rozhodl, kolik paměti přidělit. Spusťte vše kromě MySQL a zkontrolujte, kolik paměti je volné. Nastavte vyrovnávací paměť InnoDB na 10 % této částky. Pro mě to bylo 12 milionů.