Jistě to můžete udělat s SQLAlchemy.
Vše, co musíte udělat, je vytvořit různé moduly připojení, každý s vlastním tvůrcem relací. Nic v SQLAlchemy vás neomezuje pouze na jednu databázi najednou.
engines = []
sessions = []
for dbconninfo in databases:
engine = create_engine(dbconninfo)
engines.append(engine)
sessions.append(sessionmaker(bind=engine)())
Každou relaci můžete použít ke spouštění dotazů, výsledné objekty jsou připojeny k relaci, která je vytvořila, takže změny proudí zpět do správné databáze. Prostudujte si dokumentaci relace podrobně, abyste viděli, co se stane, když například sloučíte objekt z jedné relace do druhé.