S určitou pomocí jsem našel řešení v dokumentech Npgsql, zde .
Npgsql ve výchozím nastavení přichází s některými parametry časového limitu pro připojení a příkazy. Po restartu Windows byl první přístup k tabulce velmi pomalý, což vyvolalo časový limit příkazu.
S dalšími parametry na připojovacím řetězci jsem mohl změnit tato nastavení výše a vyřešit můj problém:
connectionString += ";Timeout=180;Command Timeout=180";
Bonusový tip :funkce Postgresql pg_sleep(seconds)
mi pomohl reprodukovat problém bez skutečného restartu. Velmi užitečné:
SELECT pg_sleep(60);