Podařilo se mi vyřešit můj problém odinstalováním a opětovnou instalací všech knihoven (jako balíčky ubuntu), interpretru pythonu, veškerého kódu, opětovným vygenerováním databáze (včetně přeinstalace postgis) a poté úplným restartem nginx (a tedy gunicorn). Nebyly však aktualizovány žádné knihovny, takže stále nechápu, co se vlastně stalo.
