Je možné použít objekt Array jako parametr v anotaci Spring Repository @Query?

Místo pole použijte kolekci (Set<String> ) a ujistěte se, že není prázdný (jinak bude dotaz neplatný.

Také není důvod k tomu používat nativní dotaz a neměli byste mít kolem parametru závorky:

@Query("SELECT l1 FROM Location l1 WHERE l1.node.id IN :ids")
List<Location> findLocationsByNodeIds(@Param("ids") Set<String> ids);