Odkaz na cizí klíč na tabulku v jiném schématu

Není problém to udělat. Schémata opravdu nemají žádný vliv při navazování vztahů cizích klíčů mezi tabulkami. Jen se ujistěte, že příslušní lidé mají potřebná oprávnění pro schémata, která hodláte použít.