Po několika hodinách jsem zjistil problém. Výchozí velikost načítání OJDBC je 10, takže s rostoucím počtem řádků se doba načítání velmi rychle zvyšuje.
Co je zvláštní:toto byl můj první nápad, takže jsem zkusil nastavit <property name="eclipselink.jdbc.fetch-size" value="100"/> v persistence.xml . Nefungovalo to, tak jsem se vrhl na jiná řešení. Dnes jsem to nastavil na jeden dotaz pomocí query.setHint("eclipselink.jdbc.fetch-size", 100) a funguje to.