Ponecháme-li stranou zřejmou radu uložit každý soubor jako samostatný objekt BLOB ...
Zdá se mi, že máte dvě možnosti. Buď si někam uložte délku každého souboru a použijte to k řízení množství dat, která čtete z BLOB; nebo vložte nějakou hodnotu oddělovače do objektu BLOB mezi soubory. Oddělovač se mi zdá jako horší volba - musíte vybrat hodnotu, která zaručeně nebude přítomna v datech souboru, a musíte číst jednotlivé bajty, abyste našli oddělovač.
Uložte si tedy délky. A pravděpodobně názvy souborů. Což znamená podřízenou tabulku s jedním řádkem na soubor. Což nás přivádí zpět k otázce – proč neuložit BLOB do každého z těchto řádků, jeden na soubor?