V takovém dotazu nemůžete použít parametr. Aniž byste zacházeli do logiky za tím, nejlepší možností je zřetězit řetězec dotazu před vytvořením dotazu
String queryString = "select COUNT(tl.LOG_ID) AS EVTCOUNT,tl.PRIORITY FROM Customer_" + custId + " tl Where tl.DEVICE_REPORTED_TIME >= SysDate-90 GROUP BY tl.PRIORITY ORDER BY tl.PRIORITY";
Query query = session.createSQLQuery(queryString);
UPRAVIT
Pokud jde o NamedQueries, jsou kompilovány při spuštění aplikace, takže si nemyslím, že existuje způsob, jak změnit cílovou entitu (tabulku) za běhu.