Tento problém vyšetřujeme, sledujeme v PYTHON-961. Možná se vám podaří problém vyřešit předáním connect=False při vytváření instancí MongoClient. To odkládá připojení na pozadí, dokud se nepokusí o první operaci s databází, čímž se předchází tomu, co je podle mého názoru sporem mezi roztočením vlákna monitoru MongoClient a rozvětvením více procesů.
