Co jsem viděl udělat a co v současné době používám, jsou vložená pole s ID uzlů v každém dokumentu.
Dokument uživatel1 má tedy skupiny vlastností:[id1,id2]
A skupina dokumentů1 má vlastnost users:[user1]. Skupina dokumentů2 má také vlastnost users:[user1].
Tímto způsobem získáte objekt Group a snadno vyberete všechny související uživatele a totéž pro uživatele.
To vyžaduje trochu více práce při vytváření a aktualizaci objektu. Když řeknete, že 2 objekty spolu souvisí, musíte aktualizovat oba objekty.
V MongoDB je také koncept DBReferences a v závislosti na vašem ovladači automaticky vytáhne odkazované objekty při načítání dokumentu.
http://www.mongodb.org/display/DOCS/Database+References#DatabaseReferences-DBRef