Použijte $in operátor pro předání seznamu fakultních hodnot pro odstranění dokumentů z vloženého pole. Více here
Zkuste
db.groups.update(
{"_id": ObjectId("5a7da1bda21d5f3e8cf005b3")},
{"$pull":{"group_members":{"faculty_number":{$in:[8025,7323]}}}}
)