Aktualizovat :S WiredTiger, compact dělá volné místo.
Původní odpověď na tuto otázku je zde:Zmenšení velikosti souboru databáze MongoDB
Opravdu neexistuje nic mimo repair která získá zpět prostor. compact by vám mělo umožnit jít na stávajícím prostoru mnohem déle. V opačném případě budete muset migrovat na větší disk.
Jedním ze způsobů, jak toho dosáhnout, je použít off-line sekundární z vaší sady replik. To by vám mělo poskytnout celé okno údržby pro migraci, opravu, přesun zpět a obnovení.
Pokud nepoužíváte sadu replik, je čas podívat se na to.