Přišel na to, v čem byl problém. V MongoEngine "připojit" metoda replicaSet parametr je třeba zadat následovně:
connect(db = "my_db", replicaSet = "my_replica_set_name", host = "hostname", port = "port_number")
Syntaxe předvolby čtení je správná, jak je uvedeno výše. Předání v replicaSet parametr to fungovalo.