Argument pro remove() je dokument filtru, takže předání prázdného dokumentu znamená 'odstranit vše':
db.user.remove({})
Pokud však rozhodně chcete odstranit vše, co byste mohli bude lepší nechat sbírku. I když to pravděpodobně závisí na tom, zda máte na kolekci uživatelsky definované indexy, tj. zda náklady na přípravu kolekce po jejím odstranění převáží delší dobu trvání remove() volání vs drop() zavolejte.
Další podrobnosti v dokumentech .