Díky bertrandovi jsem zjistil, že odpověď leží v 'Projection '. V mongodb je to '$ ', v mongoose jeho select . Zde je návod, jak jsem to udělal:
User.findOne({id: req.body.myId}).select({ Friends: {$elemMatch: {id: req.body.id}}}),
Vrátí pouze prvek, který odpovídá id zadanému v přátelích.