nelze dotazovat přes ListField (EmbeddedDocumentField)

Budete muset provést $elemMatch [1] dotaz a v mongoengine pro něj v tuto chvíli není vestavěná podpora. Museli byste udělat raw dotaz takto:

Agent.objects.filter(
    name='ashraf',  
    __raw__={"skills": {
        "$elemMatch": {
            "level": {"$gt": 5}, 
            "name": "Computer Skills"
        }
    }}
)

[1] http://www.mongodb.org/display /DOCS/Advanced+Queries#AdvancedQueries-%24elemMatch