Opravdu to dokážu reprodukovat. Použití jedinečného indexu pro 2dsphere není něco, co si myslím, že by mělo být podporováno. Rozlišení indexu není dostatečně vysoké, aby bylo vidět, že vaše dva body nejsou stejné. Naše implementace indexu S2 používá pouze „buňky“ s minimální stranou 500 m a vaše body jsou od sebe vzdáleny asi 65 metrů.
Na adrese https://docs je k dispozici fascinující prezentace .google.com/presentation/d/1Hl4KapfAENAOf4gv-pSngKwvS_jwNVHRPZTTDzXXn6Q/view#slide=id.i0 což vysvětluje, jak index funguje.
V tuto chvíli si však nemyslím, že existuje řešení vašeho problému, ale udělám další šetření.