Časové razítko Mongodb je velmi nepřesné - mongoose

Jde o to, že voláte Date.now() v době, kdy je schéma definováno, nastavuje výchozí hodnotu pro createdAt a pak se tato hodnota používá jako výchozí až do příštího restartování aplikace.

Místo toho chcete nastavit výchozí hodnotu na Date.now samotná funkce, takže bude volána při každém vytvoření nového dokumentu:

var uploadSchema = new Schema({
    createdAt: {
        type: Date,
        required: true,
        default: Date.now
     },