Právě jsem narazil na stejný problém. Ernie Hershey z MongoDB mi to pomohl vyřešit tím, že odpověděl na můj příspěvek v uživatelské skupině MongoDB:
https://groups.google.com/forum/#!topic /mongodb-user/5xRQW7ER4hE
V podstatě musíte spustit yum makecache před spuštěním yum install mongodb-org kvůli chybě ve způsobu generování balíčků MongoDB RC. Tím jsem problém vyřešil.