Nemusíte ukládat mezisoubory, můžete výstup souboru s3 převést na stdout a můžete získat vstup do mongoimport od stdin.
Váš úplný příkaz by vypadal nějak takto:
s3cmd get s3://<yourFilename> - | mongoimport -d <dbName> -c <collectionName>
všimněte si - který říká odeslat soubor na stdout spíše než do názvu souboru.