Měl jsem stejný problém a vytvořil jsem lehkou třídu PHP pro formátování/zvýrazňování syntaxe.
https://github.com/jdorn/sql-formatter
Ještě jsem to plně netestoval se složitými dotazy (podvýběry, sjednocení atd.), ale zdá se, že to v běžných případech funguje docela dobře.
Chcete-li získat plně přesné výsledky, opravdu potřebujete úplný analyzátor SQL, jako je phpMyAdmin, který však používá více než 10 000 řádků kódu rozložených do mnoha souborů a pro jednoduché ladění je pravděpodobně přehnaný.