k tomu byste neměli používat phpmyadmin, měli byste používat mysqldump. z příkazového řádku its
mysqldump -uMYSQL-USER -h server -pMYSQL-USER database_name > /path-to-export
z php skriptu
$command = "mysqldump -uMYSQL-USER -h server -pMYSQL-USER database_name > /path-to-export/file.sql";
exec($command, $output, $return_var);
to lze snadno automatizovat pomocí cronjob