MySQL nezmenšuje velikost ibdata1. Vůbec. I když použijete optimize table aby uvolnil použitý prostor od smazaných záznamů, použije jej později.
Alternativou je nakonfigurovat server tak, aby používal innodb_file_per_table
, ale to bude vyžadovat zálohu, zrušení databáze a obnovení. Pozitivní stránkou je, že soubor .ibd pro tabulku je zmenšen po optimize table
.