Podívejte se na tento návod o transakcích s CHOP.
V podstatě zabalte dlouho běžící kód do:
$dbh->beginTransaction();
...
$dbh->commit();
A podle této stránky dokumentu CHOP :
"Když skript skončí nebo když se má spojení ukončit, pokud máte nevyřízenou transakci, PDO ji automaticky vrátí zpět."
Takže ztratíte transakci, která byla nevyřízená, když vypršel časový limit skriptu.
Ale opravdu byste to měli předělat tak, aby to nezáviselo na tom, že skript zůstane naživu.