Právě jsem měl stejný problém, vyzkoušel jsem všechna výše uvedená řešení a pak jsem začal pár hodin mlátit hlavou o klávesnici.
Pak mě napadlo zkusit nainstalovat/znovu nainstalovat nástroje příkazového řádku Xcode:
xcode-select --install
Jakmile jsem to udělal, byl nainstalován drahokam mysql2 bez problémů. Doufám, že to pomůže!