Myslím, že to skutečně závisí na implementaci, ale představu o rozdílech můžete získat pohledem na zdroje MySQLdb. V závislosti na možnostech uchovává mysqldb fetch* aktuální sadu řádků v paměti nebo na straně serveru, takže zde fetchmany vs fetchone má určitou flexibilitu, aby věděl, co zachovat v paměti (pythonu) a co ponechat na straně serveru db.
PEP 249 neposkytuje mnoho podrobností, takže si myslím, že jde o optimalizaci věcí v závislosti na databázi, zatímco přesná sémantika je definována implementací.