Měl jsem stejný problém před pár týdny. Databázovou složku v souborovém systému vlastnil nesprávný uživatel. Jednoduchý chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql/database_name udělal trik!
Vše je vysvětleno zde:http://www.dinosources.eu/2010 /10/mysql-cant-create-table (je to italsky, ale je to docela jasné)
Na zdraví