Vaše současná technika se zdá být dostatečně praktická. Jen jedna malá změna.
Namísto čekání na chybu a následného vytváření sloupců jeden po druhém můžete schéma exportovat, porovnat a zjistit všechny chybějící sloupce ve všech tabulkách.
Tak by to bylo méně práce.
Vaše grafické rozhraní bude umět exportovat pouze schéma nebo následující přepínač na mysqldump bude užitečný k nalezení všech chybějících sloupců.
mysqldump --no-data -uuser -ppassword --database dbname1 > dbdump1.sql
mysqldump --no-data -uuser -ppassword --database dbname2 > dbdump2.sql
Rozdíl mezi dbdump1.sql a dbdump2.sql vám poskytne všechny rozdíly v obou databázích.