MySQL dotaz s JOIN nepoužívá INDEX

Nejsem si úplně jistý, ale zvažte přesunutí podmínky z WHERE podmínkou JOIN ON podmínku, protože provádíte vnější spojení (LEFT JOIN ) je rozdíl ve výkonu na rozdíl od inner join kde podmínka je na where nebo join on klauzule je ekvivalentní.

SELECT COUNT(1) AS clicks 
FROM clicks AS c 
LEFT JOIN links AS l ON l.id = c.link_id 
AND (c.date_added >= '2016-11-01 00:00:00' 
AND c.date_added <= '2016-11-16 23:59:59');