Moje odpověď je opožděná, ale může pomoci budoucím čtenářům.
Měl jsem stejný problém. Při čtení dokumentace MySQL o možnostech příkazů MySQL , Zjistil jsem, že můžete použít --init-command parametr.
Takže váš příkazový řádek bude jednoduše:(-v pro verbózní a je nepovinné)
mysql --init-command="SET autocommit=0;" -v < sql_file.sql