Jak definovat dotaz na úložiště JPA s připojením?

V JPA nepotřebujete klauzule ON, protože JPA již ví, jak jsou entity spojeny díky mapovacím anotacím.

Navíc vybíráte application , což není alias definovaný ve vašem dotazu.

A vaše spojení nedávají smysl.

Dotaz by měl být jednoduše

select application FROM Application a
join a.customer c 
join c.users u
where u.id = :userId

Přečtěte si dokumentaci Hibernate, abyste pochopili, jak HQL a připojení fungují.