Dochází k problémům s časovým limitem a příliš mnoha připojeními. Zkuste snížit svůj wait_timeout a možná i hodnotu interactive_timeout.
Nevím, jestli používáte PDO (doporučeno ze všech příspěvků, které jsem zde viděl), ale zkuste vytvořit trvalé připojení MySQL, aby nemuselo při každé aktualizaci otevírat nová připojení.