site.cfg ve stejném adresáři jako setup.py hledal nesprávný klíč regsitry, na konci souboru je
# The Windows registry key for MySQL.
# This has to be set for Windows builds to work.
# Only change this if you have a different version.
registry_key = SOFTWARE\MySQL AB\MySQL Server 5.0
Ponořil jsem se do registru a našel HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\MySQL AB\ a viděl jsem, že místo toho mám 5.1,
nyní hlásí další chybu, ale tato otázka je alespoň vyřešena;)