Začněte běhat.
Nyní!
Vtipy stranou, nedělejte to. Nevytvářejte jednu databázi na uživatele. To je peklo spravovat, udržovat a dotazovat. Co když potřebujete vědět, kteří uživatelé se přihlásili včera? Budete se dotazovat na každou databázi??
Struktura, kterou potřebujete, je stejná, mění se pouze množství dat. Stačí mít jednu databázi, podívat se, jak to jde, a poté optimalizovat/doladit.
Nerad uvádím tento citát, ale ve vašem případě to zcela platí:
Nepokoušejte se optimalizovat své řešení dříve víte, kde budou vaše úzká hrdla.
Prostě modelujte svou databázi co nejlépe. Starejte se o svá omezení, PK, FK, indexy. Proveďte svůj návrh databáze domácí práce. Pak spusťte svá data a software. Teprve pak uvidíte, kde to funguje a kde to bolí. V tuto chvíli provádíte optimalizaci.
Zaútočte na svého nepřítele pouze tehdy, když víte, kdo to je.