Rád navrhuji následující design (podobně jako ten váš):
Nejprve budeme mít tři stoly
USER -- UserId, other fields
COMPANY -- CompanyId, other fields
PHONE -- PhoneId, PhoneNumber
Pak mějte dvě tabulky pro uložení vztahu
COMPANY_PHONE -- CompanyId, PhoneId
USER_PHONE -- UserId, PhoneId