MySQL Vyberte z kategorie v tabulce y, kde Počet (produktu kategorie z jiné tabulky) je větší než nula

Můžete použít EXISTS :

SELECT category, categoryID 
FROM categories AS c
WHERE EXISTS (SELECT 1 
              FROM products AS p
              WHERE p.categoryID  = c.categoryID )

nebo INNER JOIN :

SELECT DISTINCT category, categoryID 
FROM categories AS c
INNER JOIN products AS p ON p.categoryID  = c.categoryID

nebo IN operátor:

SELECT category, categoryID 
FROM categories 
WHERE categoryID IN (SELECT categoryID FROM products)