Nakonec „vyřešte“ problém kompilací ze zdroje postgis 2.2.2 (který také vyžaduje gdal, proj4 a geos) a poté vydání
CREATE EXTENSION postgis;
CREATE EXTENSION postgis_topology;
od DROP EXTENSION postgis;
říká mi, že postgis už nebyl přítomen.
A nakonec:
ALTER EXTENSION postgis UPDATE TO '2.2.2';
ALTER EXTENSION postgis_topology UPDATE TO '2.2.2';
Znovu jsem získal přístup ke svým geom datům a funkcím z PostgreSQL 9.4. Zdá se, že kompilace ze zdroje správně aktualizovala proměnnou cestu pro postgresql a nainstalovala /usr/lib/postgresql/9.4/lib/postgis-2.2.takže to již nebylo přítomno (také pro postgis-2.1.so), a to ani s (re)instalace z apt-get.
Doufám, že to pomůže.