Nainstalovali jste JRE, nikoli JDK.
Chcete-li zkompilovat nativní kód JNI, musíte nainstalovat sadu JDK, která je dodávána s příslušným záhlavím jni.h a také se záhlavími specifickými pro operační systém.
Když to uděláte, aktualizujte svou zahrnutou cestu na
-I <path_to_jdk>/include -I <path_to_jdk>/include/linux