V současné době (MongoDB 3.2) agregace nepodporuje executeStats, s možností vysvětlení v agregaci získáte některá data související s dotazem, ale nejsou v ní žádné executeStats. Je navržena a její stav můžete zkontrolovat zde
https://jira.mongodb.org/browse/SERVER-19758
Pokud to chcete brzy implementovat, hlasujte prosím pro tento problém.