Musíte použít GROUP BY dvakrát, nejprve na (user_id, status) z následujících, abyste získali počty, potom na user_id ze spojené tabulky ke spojení:
SELECT users.name, GROUP_CONCAT( CONCAT(f.status, ',', f.cnt) SEPARATOR '|' )
FROM users
JOIN
( SELECT user_id, status, count(id) AS cnt
FROM application_follows
GROUP BY user_id, status ) f
ON f.user_id = users.id
GROUP BY users.id