now vám dá čas, kdy se tato funkce spouští. A ve vašem případě se spouštějí v jinou dobu.
Pokud chcete použít stejný čas pro oba příkazy, můžete přiřadit $now = NOW();
A použijte toto $now na obou místech. V dotazu i pro srovnání.
UPDATE users SET user_lastactivity = $now;