Potýkal jsem se se stejným problémem. Ukázalo se, že systém není schopen přistupovat k hibernate-configuration-3.0.dtd z poskytnuté adresy URL.
<DOCTYPE hibernate-configuration PUBLIC
"-//Hibernate/Hibernate Configuration DTD 3.0//EN"
"http://www.hibernate.org/dtd/hibernate-configuration-3.0.dtd">
Takže jsem na to odkazoval z místního systému.
<!DOCTYPE hibernate-configuration SYSTEM
"classpath://org/hibernate/hibernate-configuration-3.0.dtd">
Fungovalo to pro mě dobře. Doufám, že to pomůže!