Musíte mít jeden index na obou polích
ALTER TABLE alert_hit ADD INDEX `IDX-alert_id-timestamp` (`alert_id`, `timestamp`);
Také MySQL použije index s více sloupci až do prvního pole, pro které je v klauzuli WHERE podmínka rozsahu, takže v tomto případě záleží na pořadí a timestamp
by měl být poslední v indexu.
Jak navrhuje @spencer7593 výběrem COUNT(1)
místo count(id)
může být také lepší.