Bohužel vám nemohu říci proč, ale zdá se, že je to problém s konektorem MySql.
Přidejte toto:
.ExposeConfiguration(c => c.Properties.Add("hbm2ddl.keywords", "none"));
do vaší konfigurace a uvidíte, jestli to pomůže. Řešení jsem našel na fórech o hibernaci .