Pokud můžete databázi změnit, přidejte do sloupce atribut s možnou hodnotou null a nahraďte hodnoty 0000-00-00 hodnotou null.
Jinak musíte implementovat vlastní typ:http://docs.doctrine-project.org/projects/doctrine-orm/en/latest/cookbook/advanced-field-value-conversion-using-custom -mapping-types.html